Преподаватели Минской духовной академии ведут активную научно исследовательскую работу, которая осуществляется на базе кафедр. Результаты научных исследований публикуются в периодических журналах, сборниках научных статей, издаются в научных монографиях и докладываются на научных конференциях и семинарах. В 2015 году значительным событием в научной жизни академии стала публикация книги заведующего кафедрой апологетики академии В. А. Мартиновича «Нетрадиционная религиозность: возникновение и миграция. Материалы к изучению нетрадиционной религиозности». Книга положила начало изданию серии «Монографии Минской духовной академии». В 2015 году кафедрами академии был разработан Перспективный план научно-исследовательской работы на 2015-2020 годы, в котором определены приоритетные направления научных исследований. Перспективный план был утвержден на заседании Ученого совета 20 февраля 2015 года.

Тема кафедры библеистики и богословия – «Проблемы библейского перевода: история и современность» (1 этап, 2015 год: «Современные теории библейского перевода»; 2 этап, 2016 год: «Библейские переводы и святоотеческая традиция Православной Церкви»). Научный руководитель – архимандрит Сергий (Акимов), доктор богословия, профессор.

Тема кафедры церковной истории и церковно-практических дисциплин – «Написание коллективной монографии на тему «Очерки истории Православной Церкви на белорусских землях в XVI-XX ст.»» (1 этап, 2015 год: «Определение структуры работы, изучение литературы, подбор материалов и источников»; 2 этап, 2016 год: «Систематизация мате-риалов»). Научный руководитель – А. Д. Гронский, кандидат исторических наук, доцент.

Тема кафедры апологетики – «Миссионерское поле Белорусской Православной Церкви» (1 этап, 2015 год: «Методология и проблемы анализа миссионерского поля»; 2 этап, 2016 год: «Социальная и демографическая специфика миссионерского поля Белорусской Православной Церкви»). Научный руководитель – В. А. Мартинович, доктор теологии, доцент.

Решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 25-26 декабря 2013 года в обновленный состав Синодальной библейско-богословской комиссии вошли представители Минской духовной академии: ректор архи-мандрит Сергий (Акимов) и заведующий кафедрой апологетики В. А. Мартинович. Кроме того, ректор академии вошел в состав Координационного центра по развитию богословской науки в Русской Православной Церкви, а проректор по научной работе А. В. Слесарев – в состав экспертного совета Координационного центра по развитию богословской науки в Русской Православной Церкви.

В 2014-2015 учебном году ректор академии архимандрит Сергий принимал участие в заседаниях Координационного центра по развитию церковной науки в РПЦ и заседаниях Рабочей группы по выработке единого образова-тельного стандарта и оценке учебных пособий для бакалавриата. С 14 ноября 2014 года ректор академии и заведующий кафедрой апологетики В. А. Мартинович были включены в состав Общецерковного совета по защите докторских диссертаций по богословию и церковной истории.

2 марта 2015 года Председатель Учебного комитета Русской Православной Церкви архиепископ Верейский Евгений официально уведомил ректора Минской духовной академии о присуждении доценту иерею Гордею Щеглову высокой ученой степени доктора церковной истории за диссертацию «Степан Григорьевич Рункевич (1867-1924). Жизнь и служение на переломе эпох». Решение о присуждении докторской степени было принято согласно установочному решению Высшего Церковного Совета от 17 июня 2014 года.

16 апреля 2016 года ректор Минской духовной академии архимандрит Сергий (Акимов) был включен в состав комиссии по вопросам богословия Межсоборного Присутствия.

В 2016 году ректор академии архимандрит Сергий был включен в состав Межведомственной координационной группы по преподаванию теологии в вузах.

22 февраля 2017 года состоялось заседание Президиума Высшей аттестационной комиссии Республики Беларусь, на котором было утверждено решение совета по защите диссертаций о присуждении ученой степени кандидата социологических наук Мартиновичу В.А., заведующему кафедрой апологетики Минской духовной академии, доктору теологии Венского Университета. Диссертация была защищена на тему «Новые религиозные движения в Беларуси: историко-социологический аспект» по специальности 22.00.01 - теория, методология и история социологии. Защита состоялась 7 декабря 2016 года на заседании совета по защите диссертаций при Белорусском государственном университет.