Основная роль в организации научно-исследовательской работы студентов в Минской духовной академии отведена кафедрам. Каждая кафедра проводит научные исследования в соответствии со своими научными темами, активно привлекая в качестве исследователей-соисполнителей студентов. Опираясь на результаты исследования, студенты выступают с докладами на научных студенческих конференциях, используют собранный материал для написания семестровых работ, магистерских и кандидатских диссертаций.

Организация научноисследовательской работы студентов делится на две составные части:
•       учебноисследовательскую работу студентов (включая самостоятельную работу);
•       научноисследовательскую работу студентов, проводимую во внеучебное время.

Основными формами организации научноисследовательской работы студентов являются:
•       подготовка научных докладов по тематике изучаемых дисциплин и в соответствии с научной темой исследования;
•       выступления с докладами на вузовских, республиканских и международных конференциях;
•       подготовка научных докладов и выступлений на семинарском занятии по изучаемой дисциплине;
•       написание рефератов по изучаемым дисциплинам;
•       написание пяти семестровых работ и магистерской или кандидатской диссертации.

С 2014 года в академии действует Студенческое научное общество, которое является молодежной организацией, на добровольной основе объединяющей студентов духовных школ с целью развития, поддержки и стимулирования их научно-исследовательской и богословской деятельности, а также развитию их коммуникативных навыков. Председатель общества – Слесарев Александр Валерьевич. Заместитель председателя – протоиерей Александр Романчук. Секретарь – иерей Александр Полховский. С 2014 года выходит в свет электронный научный журнал «Вестник Студенческого научного общества Минских духовных академии и семинарии». 

В ходе работы ежегодной научной конференции «Иеронимовские чтения» проходит студенческая секция. Выступления, подготовленные студентами для этой конференции, публикуются в сборнике «Laboratorium Biblicum».

На протяжении 2014-2015 учебного при кафедре апологетики действовала Студенческая научно-исследовательская лаборатория «Нетрадиционная религиозность в Беларуси». Данная лаборатория является совместным проектом кабинета сектоведения при кафедре апологетики и Института теологии БГУ. Основная цель лаборатории состоит в углубленном изучении всего многообразия форм нетрадиционной религиозности. Собрания лаборатории проходят еженедельно в кабинете сектоведения.