В Минской духовной академии осуществляется подготовка кадров на уровне магистратуры и аспирантуры. Также с 2015 года работают миссионерские курсы для мирян. В перспективе планируются курсы повышения квалификации для духовенства.

Подготовка магистров и аспирантов в Минской духовной академии осуществляется в соответствии с православной традицией. Каждое занятие начинается и завершается молитвой. Содержание учебных дисциплин строго соответствует православному вероучению.

Учебный год состоит из двух семестров, каждый из которых включает 15 недель. Аудиторная нагрузка в магистратуре составляет 24 академических часа в неделю в I-III семестрах и 20 часов в IV семестре.

В процессе обучения магистранты посещают лекции, участвуют в семинарских и практических занятиях, пишут контрольные работы и рефераты, сдают зачеты и экзамены, пишут семестровые сочинения, проходят литургическую и миссионерскую практики, работают над темой магистерской диссертации, принимают участие в научных конференциях, публикуют результаты своих исследований.

В рамках литургической практики студенты также произносят богослужебные проповеди.

Тема и руководитель магистерской диссертации закрепляются в начале первого семестра. В ходе обучения магистранты пишут 5 семестровых сочинений (по два в первом и втором семестрах и одно в третьем семестре). Сочинение представляет собой письменную работу научно-исследовательского характера объемом 0,5 п. л.

Аспиранты изучают дисциплины, по которым сдают кандидатские экзамены, проходят семинары, организуемые профильными кафедрами.

Знания студентов оцениваются по 10-балльной шкале.

Прием в магистратуру и аспирантуру Минской духовной академии определяется Правилами приема, утверждаемыми Ученым советом.

Для обучения по магистерским программам принимаются лица православного вероисповедания мужского пола, выпускники духовных семинарий, получившие образование как по 5-ти летней, так и по 4-х летней программе, а также выпускники высших учебных заведений, получившие образование по специальности «Теология». Набор в магистратуру проходит по трем специализациям: «библеистика», «церковная история и церковно-практические дисциплины» и «апологетика». Обучение проходит по очной и заочной форме. Заочное обучение возможно только по специализации «церковная история и церковно-практические дисциплины». Для поступления необходимо иметь рекомендацию правящего архиерея.

Поступление на магистерские программы осуществляется на основе результатов устных экзаменов по догматическому богословию, по дисциплине выбранной специализации (библеистика, апологетика и церковная история), по современному иностранному языку и собеседования. Прием в магистратуру происходит в соответствии с заранее выбранной специализацией на одно из отделений Минской духовной академии.

Для обучения по аспирантским программам принимаются лица православного исповедания мужского пола, имеющие высшее богословское образование и степень магистра богословия (теологии).

Набор в аспирантуру осуществляется по трем кафедрам со специализациями: «библеистика», «церковная история и церковно-практические дисциплины» и «апологетика».

Поступление в аспирантуру осуществляется на основе результатов собеседования с заведующим кафедрой, экзамена по дисциплинам профильной кафедры и современному иностранному языку. Поступающие в аспирантуру должны иметь тему и план планируемого исследования, а также опубликованные по данной теме статьи. При отсутствии публикаций необходимо предоставить реферат.

В 2013 году на 1 курс очного отделения было принято 17 человек, в 2014 году – 18 человек, в 2015 году – 19 человек, в 2016 – 21 человек. На заочное отделение в 2014 году поступили 16 человек, в 2015 году – 12 человек, в 2016 году – 13 человек. В аспирантуру в 2015 и 2016 годах было принято по 9 человек.