Минская духовная академия сорудничает с различными учебными заведениями как в Республике Беларусь, так и за ее пределами. Подобное сотрудничество затрагивает сферу образовательного процесса, учебно-методической и воспитательной работы, научно-исследовательской и экспертной деятельности. В настоящее время академия официальные договоренности о сотрудничестве с учебными заведениями разного уровня. Среди них ряд высших учебных заведений:

  • Барановичский государственный университет
  • Белорусская государственная сельскохозяйственная академия
  • Гродненский государственный медицинский университет им. Янки Купалы
  • Гродненский государственный медицинский университет
  • Евангелический богословский факультет Тюбингенского университета (Германия)
  • Институт теологии Белорусского государственного университета
  • Могилевский государственный областной институт развития образования
  • Русская христианская гуманитарная академия (г. Санкт-Петербург, Российская Федерация)

Среднее специальное учебное заведение:

  • Новопольский государственный аграрно-экономический колледж

Среднее учебное заведение:

  • Гимназия № 11 города Минска.

Минская духовная академия активно развивает международные контакты в сфере науки и образования. Преподаватели академии выступают с лекциями в зарубежных учебных заведениях. Академия выступает в качестве ведущей организации при защитах диссертаций в Московской и Санкт-Петербургской духовных академиях. Специалисты академии привлекаются для оппонирования диссертаций в Общецерковном диссертационном докторском совете.

Кафедра библеистики и богословия проводит ежегодную международную конференцию исследователей Библии Иеронимовские чтения.

В редакционные коллегии специализированных научных журналов, издаваемых кафедрами академии, входят известные ученые из стран ближнего и дальнего зарубежья.

С сентября 2010 по август 2014 года доцент академии протоиерей Алексий Васин находился в зарубежной командировке по осуществлению проекта академического и церковного сотрудничества в рамках соглашения между Минской духовной академией, богословским факультетом Тюбингенского университета и Церковным управлением Вюртембергской Евангелической Церкви.

Минская духовная академия ведет обмен с зарубежными вузами стажерами и студентами. Студенты академии проходили стажировки в Высшем Православном богословском институте последипломного образования (Шамбези-Женева, Швейцария) при содействии богословского факультета Фрибургского университета и автономного факультета протестантского богословия Женевы; на факультете католического богословия Фрибургского университета, в евангелическом факультете университета им. Еберхарда Карла (Тюбинген, Германия), в Институте восточных церквей (Регенсбург, Германия), на богословских факультетах Афинского и Фесслоникийского университетов.

В Минской духовной академии обучаются студенты из других стран, в том числе из России, Украины, Молдовы, Сербии.

Преподаватели и сотрудники Минской духовной академии принимают активное участие в различных международных научных конференциях, организуемых Национальной академией наук Беларуси, Московской, Санкт-Петербургской и Киевской духовными академиями, Общецерковной аспирантуры и докторантуры, Библейско-богословским институтом святого апостола Андрея (Москва), Международным общественным объединением «Христианский образовательный центр им. святых Мефодия и Кирилла» и Институтом религиозного диалога и межконфессиональных коммуникаций при Белорусской Православной Церкви, Восточноевропейской комиссией международ-ного общества исследователей Нового Завета (EELC SNTS), Университетом им. Карла-Франца австрийского города Грац, Минским международным образовательным центром им. Йоханнеса Рау, Международной конференцией Фонда ООН в области народонаселения (UNFPA), Гродненским государ-ственным университетом им. Янки Купалы, Гомельским государственным университетом им. Ф. Скорины, Брестским государственным университетом им. А. С. Пушкина, Гомельским государственным медицинском университетом, Гродненским государственным медицинском университетом, Синодальной библейско-богословской комиссией, Комиссией по канонизации святых Белорусского Экзархата.

В 2014-2015 годах архив кабинета сектоведения кафедры апологетики посетило порядка 80 кандидатов и докторов наук из России, Украины, Польши, Сербии, США, Германии и других стран мира, занимающихся изучением религии вообще и нетрадиционной религиозности в частности. В планах Минской духовной академии существенно расширить международную деятельность в различных областях своей работы.