Согласно Уставу Минской духовной академии, Ученый совет является высшим коллегиальным органом управления академии, в компетенцию которого входят основные вопросы академической деятельности.

Ученый совет состоит из Патриаршего Экзарха, ректора (председателя Ученого совета), проректоров, ученого секретаря, заведующих кафедрами, представителей профессорско-преподавательского состава. 

Протоколы Ученого совета утверждаются Патриаршим Экзархом, после чего решения Ученого совета вступают в силу.

В настоящее время Ученый совет работает в следующем составе:

  1. Митрополит Минский и Заславский Павел, Патриарший Экзарх всея Беларуси
  2. Архимандрит Сергий (Акимов), ректор, заведующий кафедрой библеистики и богословия, профессор, доктор богословия – председатель
  3. Протоиерей Владимир Долгополов, первый проректор, магистр богословия
  4. Архимандрит Никодим (Генералов), проректор по воспитательной работе, кандидат богословия
  5. Слесарев Александр Валерьевич, проректор по научной работе, заведующий кафедрой церковной истории и церковно-практических дисциплин, доцент, кандидат богословия
  6. Архимандрит Сергий (Брич), проректор по административно-хозяйственной и финансово-экономической деятельности
  7. Мартинович Владимир Александрович, заведующий кафедрой апологетики, доцент, доктор теологии (Венского университета), кандидат социологических наук
  8. Башкиров Владимир Григорьевич, протоиерей, профессор кафедры библеистики и богословия, доктор богословия
  9. Рогальский Святослав Геннадьевич, иерей, доцент кафедры библеистики и богословия, кандидат богословия
  10. Васин Алексей Владимирович, протоиерей, доцент кафедры библеистики и богословия, кандидат богословия
  11. Теплова Валентина Анатольевна, профессор кафедры церковной истории и церковно-практических дисциплин, кандидат исторических наук
  12. Щеглов Гордей Эдуардович, иерей, профессор кафедры церковной истории и церковно-практических дисциплин, доктор церковной истории
  13. Болоховский Николай Иванович, протоиерей, доцент кафедры церковной истории и церковно-практических дисциплин, кандидат богословия
  14. Мовсесян Сергей Геворгович, иерей, преподаватель кафедры апологетики, кандидат богословия, кандидат философских наук
  15. Шатравский Сергей Иосифович, доцент кафедры апологетики, кандидат богословия
  16. Тимошенков Сергей Павлович, иерей, доцент кафедры апологетики, кандидат богословия
  17. Артемов Роман Юрьевич, иерей, заведующий отделением заочного обучения
  18. Гронский Александр Дмитриевич, доцент кафедры церковной истории и церковно-практических дисциплин, кандидат исторических наук – секретарь Ученого совета.